کریم باقری، شش ماه پس تمدیدنشدن قراردادش با پرسپولیس افشا کرده که با فشار نهادهای امنیتی، از کادر فنی پرسپولیس کنار گذاشته شده است: «باشگاه پرسپولیس تماسی با من برای تمدی قرارداد نگرفت و فکر کنم مسائل بیرونی باعث شد نباشم. درواقع بخش امنیتی گفتند من فعلا در پرسپولیس کار نکنم.»
در تیرماه امسال، ایران اینترنشنال مطلع شد نهادهای امنیتی به مدیران پرسپولیس اعلام کرده‌اند کریم باقری باید از کادر فنی پرسپولیس خارج شود. آنها اجازه تمدید قرارداد با کریم باقری را به دلیل حمایتش از خیزش انقلابی مردم ایران ندادند.
هرچند یحیی گل‌محمدی بارها حمایت خود از کریم باقری را اعلام کرد، اما رضا درویش گفت قرارداد کریم باقری تمدید نمی‌شود.
او در یکی از دلیل‌تراشی‌ها برای حذف کریم باقری گفته بود که «کریم باقری خودش تمایل آنچنانی به ادامه کار نداشت و دوست داشت دنبال کارهای اقتصادی برود.»
مربی پیشین پرسپولیس در گفتگو با فوتبال ۳۶۰، چنین چیزی را رد کرد و همچنین گفت که با توجه به اظهارنظرهای مدیرعامل پرسپولیس و حواشی اخیر بعید است که این فصل به پرسپولیس برگردد.
کریم باقری اما در شروع اعتراضات پس از کشته شدن ژینا (مهسا) امینی در بازداشتگاه گشت ارشاد، در صفحه اینستاگرامش نوشت: «در این روزهای سخت من و امثال من وظیفه داریم کنار مردم باشیم چون از خود مردم هستیم. چه دنیای ورزشی شد، چه تیم ملی‌ای شد، چه می‌گذرد بر ما؟ ... حال این روزهای کشورم و مردمم را حتی اگر در خواب هم می‌دیدم باورم نمی‌شد.»