ستاد کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ساعاتی پس از انتشار گزارش خبرگزاری فارس، وابسته به سپاه، این گزارش را «قویا» تکذیب کرد و آن را «مخدوش و از اعتبار ساقط» خواند. فارس پیشتر گفته بود دو مورد از پروتکل‌های امنیتی در سفر رئیسی و همراهانش با بالگرد رعایت نشده بود.
مرکز ارتباطات ستاد کل نیروهای مسلح روز چهارشنبه، ۳۱ مرداد، با رد گزارش فارس نوشت: «آنچه که در خبر ادعایی فارس در خصوص حضور دو نفر در بالگرد بر خلاف پروتکل‌های امنیتی آمده و از آن به عنوان یکی از عوامل سقوط بالگرد که قدرت کشش کافی برای تنظیم ارتفاع پروازی نداشته، یاد شده است، از اساس کذب می‌باشد.»
در این بیانیه گفته شده است که آنچه در خبر خبرگزاری فارس آمده، مخدوش و از اعتبار ساقط است.
پیشتر مرکز ارتباطات ستاد کل نیروهای مسلح، به عنوان متولی و مسئول انتشار اخبار بررسی حادثه سقوط بالگرد حامل ابراهیم رئیسی، در دو بیانیه جداگانه تاکید کرده بود که «تمامی» پروتکل‌های امنیتی در این پرواز رعایت شده بود.
مرکز ارتباطات ستاد کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی در بیانیه خود از رسانه‌ها خواسته است: «در انتشار اخبار دفاعی، امنیتی و انتظامی» هماهنگی لازم را با این مرکز به عمل آورند و «صحت را فدای سرعت نکنند».
ستاد کل نیروهای مسلح پیشتر نیز وعده داده بود که جزییات بیشتر و نتایج بررسی‌ها درباره علت سقوط بالگرد حامل رییس سابق دولت در جمهوری اسلامی را منتشر خواهد کرد اما با گذشت سه ماه از این حادثه، هنوز هیچ اطلاع‌رسانی دقیقی درباره علل سقوط این بالگرد منتشر نشده است.
برخلاف گزارش‌های رسمی قبلی، خبرگزاری فارس، وابسته به سپاه روز چهارشنبه ۳۱ مرداد نوشت در حادثه سقوط بالگرد رئیسی و همراهانش، دو مورد از «پروتکل‌های لازم برای تشریفات و امنیت رییس‌جمهوری» رعایت نشده بود. فارس افزود وزن بالا و شرایط جوی به‌عنوان دلایل سانحه شناسایی شده‌اند.
این خبرگزاری به نقل از یک منبع آگاه که نامش را اعلام نکرد، نوشت بر پایه گزارش‌های هواشناسی، به تیم‌های پروازی رئیسی و همراهانش اعلام شده بود پرواز باید پیش از ساعت ۱۳ انجام شود.
او افزود: «هنگام شروع پرواز، تاخیری که به سبب دیدارهای رییس‌جمهوری پیش آمد، وضعیت هوایی را نامطلوب کرد و از طرف دیگر، وزن بالای بالگرد در فشار هوایی آن منطقه عامل مهمی در عدم توانایی خلبان برای کنترل بالگرد بوده است.»
بالگرد حامل رئیسی و تعدادی دیگر از مقام‌های بلندپایه جمهوری اسلامی، از جمله حسین امیرعبداللهیان، وزیر امور خارجه و محمدعلی آل‌هاشم، امام جمعه تبریز روز ۳۰ اردیبهشت در منطقه کوهستانی ورزقان در استان آذربایجان شرقی سقوط کرد و همه سرنشینان آن کشته شدند.
منبع امنیتی در ادامه مصاحبه خود با فارس گفت بالگرد حامل رئیسی دو نفر بیشتر از پروتکل‌های امنیتی به همراه داشت و این موضوع عکس‌العمل خلبان را در برابر شرایط نامناسب جوی تحت تاثیر قرار داد.
او اضافه کرد: «زمانی که خلبان توده مه را مشاهده کرده و خواسته بالگرد را در ارتفاع پروازی مناسب تنظیم کند، قدرت بالگرد کشش کافی را برای این اقدام نداشته و در محدودیت دید حاصل از مه، برخورد با کوه حادث شده است.»
اظهارات این منبع آگاه در حالی در رسانه وابسته به سپاه منتشر می‌شود که ستاد کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی، به عنوان نهاد مسئول رسیدگی به پرونده سقوط بالگرد رئیسی، روز ۹ خرداد در گزارشی اعلام کرد «ظرفیت مجاز بالگرد» رعایت شده بود.
به گفته این نهاد نظامی، اشکالی در تعمیرات و نگهداری بالگرد رئیسی که قادر باشد این حادثه را رقم بزند، مشاهده نشده و احتمال وقوع انفجار ناشی از خرابکاری نیز در این رویداد منتفی است.
منبع امنیتی همچنین در گفت‌وگو با فارس خبر داد بالگردهای حامل رئیسی و همراهانش در آذربایجان شرقی از جی‌پس‌اس برخوردار نبودند و لیدرهای پروازی در مسیر رفت و برگشت تغییر کردند که هر دوی این موارد در چارچوب پروتکل‌های امنیتی بوده است.
او افزود: «این بالگردها به جهت اینکه عمده سامانه‌هایشان از نوع مکانیکی بوده، اساسا امکان خرابکاری از نوع جَمر و هک سامانه‌های الکترونیکی نیز منتفی است.»
به گفته این منبع، حدود ۳۰ هزار نفر پس از کشته شدن رئیسی «مورد آنالیز امنیتی و اطلاعاتی» قرار گرفتند و یافته‌های این بررسی‌ها نشان می‌دهد «هیچ عامل مشکوکی» در این حادثه دخیل نبوده است.
روزنامه «جمهوری اسلامی» چاپ تهران، روز سوم خرداد به بررسی گمانه‌زنی‌ها درباره احتمال وجود «توطئه خارجی» در کشته شدن رئیسی پرداخت.
این روزنامه نوشت «استقرار امکانات نظامی، اطلاعاتی و مخابراتی اسرائیل در جدار مرزی جمهوری آذربایجان، احتمال دست داشتن اسرائیل را در سقوط بالگرد رئیسی» پررنگ می‌کند.
«همبستگی جمهوری‌خواهان ایران» روز ۱۰ خرداد در بیانیه‌ای روایت جمهوری اسلامی از سانحه هوایی برای رئیسی را «دارای ابهامات و تناقضات» دانست و اعلام کرد: «در صورت سقوط بالگرد رئیسی با دسیسه داخلی، خطر تشدید مناسبات مافیایی حکومت نگران‌کننده است.»