مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه کشته شدن پنج نفر در پی حمله اسرائیل به مراکز نظامی جمهوری اسلامی را به علی خامنه‌ای تبریک و تسلیت گفت و ضمن محکوم کردن آن خواستار «برخورد قاطع و پشیمان‌کننده همراه با تدبیر و نشان دادن اقتدار» شد.